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理研オープンサイエンスプラットフォーム

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活動・研究成果

バイオリソースのメタデータ整備(2020年3月23日)

BRC統合情報室は、理研バイオリソースに公開されているデータについて、メタデータの整備を行いました。これにより個体(系統)や細胞を生物種横断的に関連付ける仕組みが整い、生命科学の広い分野での活用が可能になりました。

生物材料別リソースカタログ

理研BRCマウスリソースカタログ

理研BRC植物リソースカタログ

理研BRC細胞リソースカタログ

理研BRC遺伝子リソースカタログ

理研BRC微生物リソースカタログ

 

理研シンポジウム:理研ハッカソン オープンシンポジウム (2020年2月17日 理化学研究所神戸キャンパス)

理研オープンライフサイエンスプラットフォームが共催となっています「理研ハッカソン オープンシンポジウム」が2020年2月17日に理化学研究所神戸キャンパスで開催されました。開催概要については開催案内のページをご覧ください。

RIKEN Hackathon FY2019

 

オープンライフサイエンスプラットフォーム データ集積ワークショップ(2020年1月20日 – 21日 理化学研究所神戸キャンパス)

理研オープンライフサイエンスプラットフォームに参加する理研各拠点の研究者が集まり「データ集積ワークショップ」を理化学研究所神戸キャンパスにて開催しました。公開データベースや公開データの種類や管理について情報共有し、今後の活動について議論しました。

photo of the data collection workshop

 

SWAT4HCLSでの論文発表(2019年12月9日 – 12日 イギリス)

ISCデータ知識化開発ユニット小林ユニットリーダーとOpen Microscopy Environment(OME)はイギリス、エディンバラで開催された国際学会「SWAT4HCLS」にて論文を発表しました。顕微鏡イメージングデータの標準化とイメージングデータ利活用の新方式を提案し、世界のバイオイメージングプロジェクトのメタデータ統合や他種データとの統合解析が可能となることが期待されます。論文はSWAT4HCLSのホームページからご覧ください。

 

SSBDデータベースの更新(2019年11月20日)

BDR発生動態研究チームが開発した生命動態情報と生命科学画像の統合データベースであるSSBDの更新を行いました。従来のSSBDをSSBD:databaseとSSBD:reporitoryに分割することで機能拡張し、新たに取得したデータを公開しました。詳しくはhttp://ssbd.qbic.riken.jp/をご覧ください。

 

The 6th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium (2019年11月6日 理化学研究所横浜キャンパス)

理化学研究所とスウェーデンのKarolinska Institute-SciLifeLabが主催する「The 6th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium」が理化学研究所横浜キャンパスにて開催されました。当プロジェクトからはBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーとIMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーが参加し、両機関のデータサイエンスの連携強化について議論しました。両国の生命科学分野におけるさらなる発展が期待されます。

 

メタボロームデータのメタデータ項目策定(2019年)

CSRSメタボローム情報研究チームは、理研PSCおよびCSRSが蓄積してきた植物に関するデータについてオントロジーの整備を行いました。これにより、53スタディ、約7000測定データが利用可能になり、また、かずさDNA研究所からのデータも合わせると131スタディが公開されました。これらはhttp://metabobank.riken.jp/で公開されています。今後はマウス・ヒト臓器・食品や環境など幅広い分野に関するデータの公開を予定しています。

 

BioImage Archive Metadata Workshop(2019年10月14日 – 15日 イギリス)

EMBL-EBIが主催し、欧州・米国・日本からバイオイメージデータレポジトリの専門家が集う「BioImage Archive Metadata Workshop」にBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーが参加しました。バイオイメージデータリポジトリに登録するデータに付与するメタデータの世界標準の初版が策定され、バイオイメージデータレポジトリの世界連携について議論されました。

 

Global BioImaging Exchange of Experience IV(2019年9月13日 シンガポール)

バイオイメージデータの共有に関する研究について、欧米日を中心とする主要国の研究者が集う「Global BioImaging Exchange of Experience IV」にBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーが参加しました。オープンライフサイエンスを世界規模で推進する主要なデータ連携となると期待されます。学会のホームページもご覧ください。

 

Nature Metabolism誌 論文掲載(2019年7月29日)

CSRSメタボローム情報研究チーム 有田チームリーダーがLipidomics Standards Initiative (LSI)のメンバーとして共著する、nリピドミクスにおけるポジショニングに関する論文がNature Metabolism誌に掲載されました。130脂質クラスについて、国際的な標準略名を策定し、リピドミクスで同定できる脂質の標準データを公開しました。

https://doi.org/10.1038/s42255-019-0094-z