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[論文掲載] (発表論文リスト)
国際学会論文掲載（2025年10月29日）
山縣 友紀 研究員（R-IH 生命科学データ共有ユニット ／バイオリソース研究センター 統合情報開発室 当時）、京田 耕司 技師、糸賀 裕弥 技師（BDR 発生動態研究チーム ）らは、バイオイメージングメタデータの相互運用性に取り組む新しいオントロジーフレームワークを開発し，ISWC 2025で発表およびSpringer社の論文集に掲載されました 。本論文では、迅速なデータ公開（SSBD:repository）と豊富なセマンティックアノテーション（SSBD:database）をサポートする、二層オントロジーアーキテクチャ について解説しています。
- Yamagata, Y., Kyoda, K., Itoga, H., Fujisawa, E., Onami, S. (2026). SSBD Ontology: A Two-Tier Approach for Interoperable Bioimaging Metadata. In: Garijo, D., et al. The Semantic Web – ISWC 2025. ISWC 2025. Lecture Notes in Computer Science, vol 16141. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-032-09530-5_19
論文掲載（2025年5月16日）
BRC統合情報開発室櫛田達矢研究員の論文が、科学雑誌「BMC（BioMed Central）」オンライン版に掲載されました。本研究では、複数の生命科学データベースを連携させ、特定の疾患研究に適したモデル生物を効率的に見つけ出す方法と、分散型検索技術（SPARQLクエリ）の性能を評価しています。
- Kushida, T., de Farias, T., Sima, A. et al. Federated SPARQL query performance evaluation for exploring disease model mouse: combining gene expression, orthology, and disease knowledge graphs. BMC Med Inform Decis Mak 25 (Suppl 1), 189 (2025). https://doi.org/10.1186/s12911-025-03013-8
論文掲載（2025年3月14日）
BRC統合情報開発室鈴木健大研究員が共著者として参加した微生物群集の安定性と機能に関する論文が科学雑誌「Environmental Microbiome」オンライン版（2025年3月6日付）に掲載されました。
https://doi.org/10.1186/s40793-025-00688-4
論文掲載（2024年10月31日）
生命機能科学研究センター 発生動態研究チームの大浪 修一 チームリーダー（情報統合本部 生命科学データ共有開発ユニット ユニットリーダー）、京田 耕司 技師、糸賀 裕弥 技師、情報統合本部 生命科学データ共有開発ユニットの山縣 友紀 研究員（バイオリソース研究センター 統合情報開発室 研究員）らの研究チームは、生命科学分野の画像データの共有と再利用を促進する公共リポジトリおよび高付加価値データベースを開発・公開しました。本論文では、SSBDの国際的な位置づけや、SSBDの機能について発表しています。
本研究に関する詳細は、理化学研究所プレスリリース「画像データの共有がもたらす生命科学の発展」(2024年10月31日）をご覧ください。
https://doi.org/10.1093/nar/gkae860
論文掲載（2024年10月23日）
自然界では、異なる生物同士が生物間相互作用（捕食-被食、競争、共生など）で互いに結びつき、複雑なネットワークを形成しています。一方、生物は周囲の状況に応じて他者との相互作用を強めたり弱めたり、場合によっては捕食-被食や競争などの敵対的な関係から共生関係へと関係性を変えたりすることが明らかにされてきました。さらに、近年ますます強まる人為的な環境変化に対して、こうした「変わりやすい」という生物間相互作用の性質がどのような機能をもつのかという問いに注目が集まりつつあります。しかし、多数の種が関わりあう複雑な野外の生態系で、相互作用の「変わりやすさ（変動性）」を定量することは容易ではないため、相互作用の変動性がかく乱への生物の応答をどう左右するのかの理解は進んでいないのが現状です。
橋本 洸哉 助教（弘前大学 農学生命科学部）、早坂 大亮 准教授（近畿大学 農学部）、角谷 拓 室長（国立環境研究所）を中心とした研究チームは、江口 優志氏（当時・近畿大学 大学院 農学研究科）、瀬古 祐吾 特別研究員（国立環境研究所）、蔡 吉 研究員（当時・京都大学 生態学研究センター）、鈴木 健大 研究員（理化学研究所）、五箇 公一 室長（国立環境研究所）らとともにこの課題に取り組みました。
本研究に関する詳細は、弘前大学プレスリリース「生物間の関係性の「変わりやすさ」が、農薬かく乱に対する生物密度の安定性に影響することを実験的に解明」(2024年10月23日）をご覧ください。
https://www.riken.jp/press/2024/20241023_1/index.html
Protocol掲載(2024年9月17日)
BDR 発生エピジェネティクス研究チーム三浦尚研究員による2023年度OLSP公募課題の成果として、Methods in Molecular BiologyのBook Chapterに「CWL-Based Analysis Pipeline for Hi-C Data: From FASTQ Files to Matrices」が掲載されました。
本章では、ワークフロー言語（CWL）を用いたHi-Cデータ解析パイプラインの実装およびその使用方法について詳しく解説しています。
Miura, H., Cerbus, R.T., Noda, I., Hiratani, I. (2025). CWL-Based Analysis Pipeline for Hi-C Data: From FASTQ Files to Matrices. In: Nakato, R. (eds) Computational Methods for 3D Genome Analysis. Methods in Molecular Biology, vol 2856. Humana, New York, NY. doi: 10.1007/978-1-0716-4136-1_6
論文掲載(2024年6月17日）
R-IH生命科学データ共有開発ユニット山縣研究員らはLLMを用いたレビュー論文図のアノテーションに関する論文を発表しました。
https://doi.org/10.1186/s44342-024-00011-6
ゼブラフィッシュ脳遺伝子発現データベースの作製・公開（2024年6月4日）
2022年度OLSP研究課題に採択されたCBS分子行動学研究チーム梶山十和子研究員（研究当時）らの研究グループは、モデル動物のゼブラフィッシュの脳において、38種類の神経ペプチド遺伝子と興奮性／抑制性ニューロンマーカー遺伝子をマッピングし、遺伝子発現アトラスおよびデータベースとして公開しました。OLSP研究課題では、ゼブラフィッシュの脳の連続切片画像データの染色画像をデータベース[AZEBEX]の作成・公開を支援しました。
本研究に関する詳細は、理化学研究所プレスリリース「ゼブラフィッシュ脳遺伝子発現データベースの作製・公開」(2024年6月4日）をご覧ください。
https://doi.org/10.1002/cne.25619
関連論文紹介(2024年5月6日)
FANTOM6プロジェクトのサテライト論文公開が公開されました。
- Agrawal, Saumya et al. “Annotation of nuclear lncRNAs based on chromatin interactions.” PloS one vol. 19,5 e0295971. doi:10.1371/journal.pone.0295971
本論文の公開にあわせてHi-Cデータが公開されています。
- https://fantom.gsc.riken.jp/6/datafiles/Hi-C_public_repository/
https://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/reports/#F6_3D_lncRNA
論文掲載(2024年5月23日)
R-IH生命科学データ共有開発ユニット山縣研究員らはCOVID-19感染プロセスに関するオントロジー構築に関する論文を発表しました。
https://doi.org/10.1186/s12911-024-02516-0
論文掲載(2024年5月10日)
R-IH生命科学データ共有開発ユニット山縣研究員らは細胞老化機序解明のための知識を体系化したオントロジーモデルに関する論文を発表しました。
https://doi.org/10.1038/s41597-024-03331-y
本研究の解説
Preprint掲載(2024年1月23日)
Allen Instituteを中心とする国際コミュニティは、主に米国に向けてライフサイエンス分野におけるグローバルな画像データ共有に必要な付加価値とインフラ要件を実現するための提言を発表し、arXivに公開しました。
https://doi.org/10.48550/arXiv.2401.13023
https://doi.org/10.48550/arXiv.2401.13022
論文掲載(2023年6月10日）
BDR発生動態研究チーム京田技師らが参加する国際的なコミュニティOME-NGFFは、クラウドネイティブな次世代バイオイメージングフォーマットであるOME-Zarrの論文を発表しました。SSBD:databaseから選別されたデータに対してOME-Zarr形式でのデータ提供を行うことにより、イメージングデータの解析ツールの開発促進に貢献しています。
https://doi.org/10.1007/s00418-023-02209-1
論文掲載(2023年3月8日）
CSRSメタボローム情報研究チーム有田チームリーダーらは、メタボロミクスの国際標準制定にむけて、化合物名のアノテーションに関する推奨事項を提案する提言を発表しました。
https://doi.org/10.1038/s42255-023-00757-3
論文掲載(2022年12月29日）
BRC統合情報開発室 桝屋室長が参加する、IMS粘膜システム研究チームの宮本 浩邦 客員主管研究員らの共同研究グループは機械学習、構造方程式、因果推論を用いて、魚の陸上養殖施設の下流の海草（アマモ）の繁茂に関わる成長特性の評価指標を見いだすことに成功しました。本研究成果に関する詳細は、理化学研究所プレスリリース「ブルーカーボンのための海草底泥の共生環境を予測」（2023年1月12日付）をご覧ください。
https://doi.org/10.1016/j.envres.2022.115130
論文掲載(2022年8月8日）
CSRSメタボローム情報研究チーム有田チームリーダーが参加する、各国のリピドミクス研究者コミュニティは、これまでリピドミクスの国際標準ガイドラインとリピドームデータ発表のための標準指標の制定に尽力しており、Nature Metabolism誌において、提言を発表しました。リピドーム解析の主要な詳細を共通言語でまとめた動的チェックリストの作成することで、トレーサビリティと再現性の両方を向上させることにより、この分野の調和を図ることができると期待されます。
https://doi.org/10.1038/s42255-022-00628-3
関連論文紹介（2022年5月23日 論文掲載日: 2021年9月29日）
2020年度OLSP研究課題のデータ提供型に採択された、鳥越基礎科学研究員（CBS意思決定回路動態研究チーム）のゼブラフィッシュの脳を用いた脊椎動物共通の意思決定機構のさらなる解明に関する研究の主論文が公開されています。OLSP研究課題では生成されたデータの公開に取り組み、本論文で生成されたデータのうち、一部のサンプルと解析コードはZenodoにて公開されています。
https://doi.org/10.1038/s41467-021-26010-7
論文掲載(2022年1月22日）
BRC統合情報開発室 鈴木開発研究員、桝屋室長らによる質量分析による多項目データ解析を持ち寄ったベンチマークに関する論文が公開されました。本論文は2021年3月に開催された理研ハッカソンの成果のひとつです。
https://doi.org/10.3390/ijerph19031228
論文掲載(2022年1月14日）
IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーらは新しいシングルセルRNA-seq 法の品質評価手法であるSkewC法を開発しました。SkewC法とは遺伝子領域の coverage pattern を比較することで下流の解析に影響を与える細胞(skewed cells)を同定する方法です。SkewC法はプロトコルにかかわらず、あらゆるタイプのscRNA-seqデータセットを解析することができます。
https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103777
論文掲載(2021年12月17日）
CSRSメタボローム情報研究チーム福島研究員(当時)、有田チームリーダー、R-IHデータ知識化開発ユニット小林ユニットリーダーらによる質量分析による植物メタボロームデータの共有と再利用とを促進するために開発されたデータベース、RIKEN Plant Metabolome MetaDatabase (RIKEN PMM）に関する論文が公開されました。
https://doi.org/10.1093/pcp/pcab173
論文掲載(2021年5月24日）
国立遺伝学研究所 平田教授、BDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーらの共同研究グループによる“誕生日タグづけ”マウスの脳画像データベース「NeuroGT」に関する論文が公開されました。NeuroGTを活用して、研究者自ら自身の研究に適したマウス系統やタグづけステージを選び出し、そのマウス系統をバイオリソースセンターから取り寄せて自身の研究に利用することができるようになります。詳しくは国立遺伝学研究所のプレスリリースをご覧ください。
https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100012
論文掲載(2021年5月21日）
BDRR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーが参加するEMBL-EBIを中心とした国際的なバイオイメージングコミュニティは、バイオイメージデータレポジトリの連携を議論しています。この度、バイオイメージデータに付与するメタデータの国際的な標準の提言「REMBI: Recommended Metadata for Biological Images」を発表しました。
https://doi.org/10.1038/s41592-021-01166-8
論文掲載（2021年5月12日）
BRC統合情報開発室 鈴木開発研究員、桝屋室長らの共同研究グループは多種の生物がつくる生態系の安定性の変化を俯瞰的に捉えるためのデータ解析手法を開発しました。本研究成果は、疾患の治療や健康維持、農業技術開発など、多様な分野におけるバイオリソースの新たな利活用につながると期待できます。
https://doi.org/10.1002/ecm.1469
論文掲載（2021年5月4日）
BDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーと英国University of DundeeのJason Swedlow教授は、世界各国のバイオイメージングを専門とする研究者による国際コンソーシアムであるGlobal BioImagingのImage Data Management Working Groupのメンバーと共にバイオイメージングデータのデータ形式の標準化とデータ共有リポジトリの整備に向けた提言を発表しました。本提言はデータ共有によるバイオイメージング分野の発展へ貢献することが期待されます。
https://doi.org/10.1038/s41592-021-01113-7
論文掲載（2021年4月26日）
CBS脳発達分子メカニズム研究チーム 下郡チームリーダーらによるマーモセット脳内の遺伝子発現データベースに関する論文がProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America（PNAS）に掲載されました。マーモセットは新たな脳神科学のモデル動物として注目されており、ヒトでの精神・神経疾患の原因となる脳領域の特定や神経回路の機能異常の原因究明につながることが期待されます。
https://doi.org/10.1073/pnas.2020125118
論文掲載（2021年1月18日）
BRC統合情報開発室 桝屋室長らによる理研BRCのデータベースに関する総説論文がLaboratory Animal Researchに掲載されました。理研BRCのマウス系統リソースに関連するデータベースの現在のバージョンの機能について説明し、将来の展望について説明しています。
https://doi.org/10.1186/s42826-020-00068-8
論文掲載（2020年11月19日）
IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーらによるFANTOM(The Functional ANnoTation Of the Mammalian genome)のウェブリソースに関する論文が Nucleic Acids Research誌に掲載されました。FANTOM5 や FANTOM6 の成果として最近公開された non-coding RNA に関するデータやビューアを中心に、最近の更新内容が報告されています。
https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054
論文掲載(2020年9月3日）
BDR発生動態研究チーム 山縣研究員らによる創薬早期における安全性管理のための毒性プロセスオントロジー（TXPO）に関する論文がScientific Reports誌で発表されました。TXPOは肝毒性プロセスと毒性作用機序に関する知識を体系化しています。さらに，その応用として機序解釈支援知識システム（TOXPILOT）の開発も行いました。TOXPILOTは毒性メカニズムの解釈を支援を目指し，毒性作用機序の可視化およびオントロジーに基づいた各種関連情報を提供しています。
https://doi.org/10.1038/s41598-020-71370-7
論文掲載（2020年8月12日）
BDR発生動態研究チーム 京田研究員らの生命動態定量データを格納するHDF5を基盤とした新しいデータフォーマット「BD5」に関する論文がPLOS ONE誌に掲載されました。BD5により顕微鏡動画像に画像認識を適用する等の方法で取得した生命動態定量データの高速なアクセスとファイル転送が可能になります。
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0237468
SWAT4HCLSでの論文発表（2019年12月9日 – 12日 イギリス）
ISCデータ知識化開発ユニット小林ユニットリーダーとOpen Microscopy Environment(OME)はイギリス、エディンバラで開催された国際学会「SWAT4HCLS」にて論文を発表しました。顕微鏡イメージングデータの標準化とイメージングデータ利活用の新方式を提案し、世界のバイオイメージングプロジェクトのメタデータ統合や他種データとの統合解析が可能となることが期待されます。論文はSWAT4HCLSのホームページからご覧ください。
Nature Metabolism誌 論文掲載（2019年7月29日）
CSRSメタボローム情報研究チーム 有田チームリーダーがLipidomics Standards Initiative (LSI)のメンバーとして共著する、nリピドミクスにおけるポジショニングに関する論文がNature Metabolism誌に掲載されました。１３０脂質クラスについて、国際的な標準略名を策定し、リピドミクスで同定できる脂質の標準データを公開しました。
https://doi.org/10.1038/s42255-019-0094-z
[シンポジウム・ワークショップ・公募研究]
foundingGIDE Community Event 2025 (2025年10月17-18日 Brisbane Convention & Exhibition Centre）
大浪チームディレクターが参加するバイオイメージングデータの共有と利活用を促進するための国際コンソーシアムfoudingGIDEによるCommunity Event 2025に参加しました。
今回のイベントでは、Bioimaging data および Preclinical data の相互運用性と標準化における主要な課題について、イメージングデータエコシステム全体で共有可能なソリューションの実現を目指し、活発な議論が行われました。
OLSP からは大浪チームディレクターおよび下郡チームディレクターが講演を行い、それぞれの取り組みと展望を紹介しました。
講演の様子は YouTube にて公開されています。
Shuichi Onami – Metadata harmonisation in major bioimage repositories
Tomomi Shimogori- From Genes to Discovery: How the Marmoset Brain Atlas Advances Global Neuroscience
BDR Seminar (2025年7月28日 理研神戸キャンパス）
米国Princeton Neuroscience InstituteよりFenna Krienen博士をお招きし、BDRセミナー ”What do we do with 5322 mammalian brain cell types? “を開催しました。
第48回日本神経科学大会シンポジウム（2025年7月24日 朱鷺メッセ 新潟コンベンションセンター）
第48回日本神経科学大会において、公募シンポジウム「生命科学におけるデータサイエンスとデータベースの最前線」を開催しました。（オーガナイザー 下郡チームディレクター (理研CBS)）本講演では、John Ngai博士（National Institutes of Health）、Fenna Krienen博士 (プリンストン大学神経研究所)をお招きし、生命科学分野においてデータ活用が進む中、日米による最新の取り組みや成功事例を共有し、今後の戦略を議論しました。
RIKEN Symposia: OLSP Symposium 2025 – Present and Future Perspectives of Open Life Sciences – (2025年1月27日 理化学研究所和光キャンパス)
公開シンポジウムRIKEN Symposia: OLSP Symposium 2025– Present and Future Perspectives of Open Life Sciences – (OLSP Symposium 2025)を開催し,理研内外から多くの研究者にご参加いただきました。
本シンポジウムでは、「オープンライセンスの現状と展望」をテーマに、OLSPのこれまでの活動や貢献を発表しました。さらにライフサイエンス分野や異分野での成功例について講演やディスカッションを通して、ライフサイエンス分野でのオープンサイエンスの将来展望について議論をおこないました。
本シンポジウムでの講演の様子はホームページとOnami Lab YouTube Channelからご覧いただけます。
AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」(2024年12月23日 オンライン）
IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム粕川チームリーダーによる、統合データベース講習会：AJACSでの講習会の講演動画が公開されています。本講習では、「公共データベースからシングルセルRNA-seqデータを取得する 」をテーマに公共データベースの活用方法について学ぶことができます。ぜひご覧ください。
理研TRIPハッカソン2024（2024年11月5-8日、理研神戸キャンパス）
理研TRIPハッカソンでは、TRIPユースケースや有志で参加された５４名の理研研究者・技術者が14のチームを構築し、データ作成やAIを含むツール類の開発の他、研究開発の方向性の議論を行いました。新たな研究開発成果の創出のみならず、新しい研究開発連携や人脈が生まれ、有意義な研究会となりました。
The 57th Annual Meeting of JSDB ランチョンセミナー（2024年6月22日、みやこめっせ）
BDR発生動態研究チームは、京都市で開催されたthe 57th Annual Meeting of JSDB でランチョンセミナーを開催しました。ランチョンセミナーでは「SSBD：バイオイメージングデータのグローバルな共有」と題し、バイオイメージングデータの共有に関する世界の状況や、SSBD:repositoryへのデータ登録方法などを紹介しました。
OLSP Workshop 2024（2024年5月21日、6月17-18日 理化学研究所和光キャンパス＆オンライン）
「OLSP Workshop 2024」を開催しました。今年度はDay1~3の３日間にわたって開催し、Day2のプログラムについて理研内から広く参加者を募り参加いただきました。Day1にはOLSP研究課題採択者による研究内容の紹介と今後の進め方によるプレゼンテーションや、理研から産出されるデータとBioSampleについて議論しました。Day2-3はOLSPの活動の報告・2022年度の公募課題採択者による研究報告、さらに理研が進めるTRIP（Transformative Research Innovation Platform of RIKEN platforms）の中から、生命科学分野におけるプロジェクトにかかわる研究者らとOLSPとの連携について議論しました。
OLSP Workshop Day1の様子
OLSP Workshop Day2の参加者
学術情報基盤オープンプラットフォーム2024（2024年6月11-13日 一橋大学＆オンライン）
BRC統合情報開発室桝屋室長はNIIが主催する学術情報基盤オープンプラットフォーム2024において、パネルディスカッション「活用の現場から見たNII RDC高度化の課題」に参加し、講演を行いました。フォーラムのホームページから講演資料がご覧になれます。
第28回日本生態学会宮地賞を受賞 (2024年3月18日 関内ホール)
2024年3月に開催された第71回日本生態学会において、BRC統合情報開発室鈴木開発研究員が第28回日本生態学会宮地賞を受賞し、記念講演を行いました。
- 講演タイトル： 生態系・力学系・複雑系: 予測制御の生態学に向けて
- 要旨：https://esj.ne.jp/meeting/abst/71/prize_winners_miyadi_03.html
2023年度OLSP研究課題の決定
OLSPでは2023年度に2件の研究課題(研究提案型2件)を所内公募により決定し開始しました。研究実施期間は2023年12月からの1年間の予定です。（研究課題の詳細）
トーゴ―の日シンポジウム2023 (2023年10月5日 日本科学未来館)
JSTが主催する事業活動の紹介とデータベースに関する研究開発交流を目的としたトーゴーの日シンポジウム2023でIMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーによる「統合的な転写制御データ基盤 INTRARED の構築について」講演を行いました。トーゴ―の日シンポジウム2023のホームページまたはTOGO TVから発表スライド・発表動画がご覧になれます。
ABiS-GBI 2023 course – Image data: image analysis, data management and reuse (2023年7月3-5日 基礎生物学研究所カンファレンスセンター、理化学研究所生命機能科学研究センター）
Global BioImaging （GBI）と、先端バイオイメージング支援プラットフォーム（ABiS）が共催となり、ABiS-GBI 2023 course – Image data: image analysis, data management and reuseを開催しました。世界中から顕微鏡施設などで画像を取得する研究者や画像解析を行う研究者や顕微鏡施設管理やデータ管理者が集い、画像解析、データ管理、及び画像データリポジトリなど、画像データの包括的なトピックを学びながら交流しました。
BioHackathon 2023 (2023年6月25日-7月1日 かがわ国際会議場、オリビアン小豆島）
OIS DBCLS が主催する国際開発者会議「BioHackathon 2023」に参加しました。OLSPから参加した、IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム Thalhath研究パートタイマーらの研究成果はBioHackrXivにて公開しています。
- Yokochi, M., & Thalhath, N. (2023, July 1). Evaluating Oxigraph Server as a triple store for small and medium-sized datasets.
- Labra-Gayo, J. E., Waagmeester, A., Yamamoto, Y., Iglesias-Préstamo, Á., Katayama, T., Liener, T., … Thalhath, N. (2023, July 3). RDF Data integration using Shape Expressions.
OLSP Workshop 2023（2023年6月15-16日 理化学研究所和光キャンパス＆オンライン）
「OLSP Workshop 2023」を開催しました。今年度はOLSPに参加する理研各拠点の研究者、2023年度OLSP研究課題採択者の研究者だけでなく、2020年度から2021年度の過去のOLSP研究課題に採択された研究者など幅広く参加いただきました。1日目にはこれまでのOLSP研究課題採択者による研究内容のプレゼンテーション、過去の公募課題のその後の発展をご紹介いただき、参加者同士の交流を深めることができました。2日目には理研が進めるTRIP（Transformative Research Innovation Platform of RIKEN platforms）構想におけるオープンサイエンス、オントロジー作業部会、オープンサイエンス活動評価基準をはじめとするOLSPプロジェクト内の各作業部会からの活動内容の報告や今後の展望などについて議論しました。
2023年度人工知能学会全国大会(第37回） (2023年6月6-9日 熊本城ホール＆オンライン）
2023年度人工知能学会全国大会（第37回）において、R-IH生命科学データ共有開発ユニット兼BRC統合情報開発室 山縣研究員らの口頭発表「老化制御を目指した細胞老化オントロジーモデリング」が全国大会優秀賞を受賞しました。
NII学術情報基盤オープンフォーラム2023（2023年5月29-31日 一橋大学一橋講堂＆オンライン）
国立情報学研究所が主催する学術情報基盤オープンフォーラム2023学術研究プラットフォームを知識の基盤へにおいて、BRC統合情報開発室櫛田研究員が「生命科学分野の研究データのセマンティクス向上とモニタリング -理研での活動-」について講演をおこないました。講演資料と講演動画がオープンフォーラム2023のホームページに公開されています。
2021年度OLSP研究課題の報告
2021年度実施した2件の研究課題について、研究報告を追記しました。（研究課題の詳細）
2022年度OLSP研究課題の決定
OLSPでは2022年度に2件の研究課題(データ公開型2件)を所内公募により決定し開始しました。研究実施期間は2022年12月からの1年間の予定です。（研究課題の詳細）
36th IMGCの開催（2023年3月28-31日 つくば国際会議場・オンライン）
第36回国際哺乳類ゲノム会議（36th International Mammalian Genome Conference: 36th IMGC)は、2023年3月28日（火）から31日（金）の４日間に渡って、茨城県つくば市のつくば国際会議場において開催しました。現地とオンラインのハイブリッド開催となった本会議には、現地205名、オンライン41名の、合わせて246名の参加があり、国外からは国内参加者を超える129名の参加がありました。通常の研究発表（口頭発表61件、ポスター96件）に加えて３つの実験技術ワークショップ、２日目と3日目には、理化学研究所との共催による理研シンポジウム「Developmental Epigenetics and Advanced Phenotyping Technology」が開催され、最新の研究発表および、盛んな議論が交わされました。最終日には、若手研究者への優秀発表の受賞式が行われ、日本人を含むのべ13人が受賞しました。
AJACSオンライン15 (2023年1月26日 オンライン）
OLSP公募課題に採択されているIMS生命医科学大容量データ技術研究チーム森岡研究員による、統合データベース講習会：AJACSオンライン15での講習会がYouTubeで公開されています。本講習では、UCSCゲノムブラウザにあるツールとその活用について学ぶことができます。ぜひご覧ください。
第45回日本分子生物学会年会 フォーラム「生命科学のデータベース活用法」 (2022年11月30日 幕張メッセ・オンライン）
第45回日本分生生物学会年会フォーラム「生命科学のデータベース活用法」（オーガナイザー：NBDC事業推進部）において、大浪チームリーダーがバイオイメージングデータの共有について、有田チームリーダがメタボロミクス再解析のための公共リポジトリについてそれぞれ講演を行いました。講演の動画や資料はNBDC事業推進部のホームページで公開されています。
AJACSオンライン13 (2022年11月24日 オンライン）
NBDCが主催する統合データベース講習会：AJACSオンライン13で行われた、BRC統合情報開発室櫛田研究員による化合物データベースついての講習会がYouTubeで公開されています。本講習では、化合物に関する代表的なデータベースの使い方を習得することを目的として、それらの違いや特徴について紹介しています。ぜひご覧ください。
トーゴ―の日シンポジウム2022 (2022年10月5日 オンライン)
JSTが主催する事業活動の紹介とデータベースに関する研究開発交流を目的としたトーゴーの日シンポジウム2022でBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダー、IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーが口頭発表を行いました。トーゴ―の日シンポジウム2022のホームページから発表スライド・発表動画がご覧になれます。
Bio”Pack”athon 2022 #9 (2022年9月2日 オンライン）
IMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーによるBio”Pack”athon 2022 #9での講演「転写制御データ基盤のためのシスエレメント・データベースの開発」がTogoTVで公開されました。FANTOM5プロジェクトのデータや、2022年度JST-NBDC統合化推進プログラム採択課題シスエレメント・データベースの開発について講演しています。
AJACSオンライン12 (2022年8月25日 オンライン）
NBDCが主催する統合データベース講習会：AJACSオンライン12でBDR発生動態研究チーム 糸賀技師らがバイオイメージングデータベースの概要と使い方について講習会を行いました。SSBDやバイオイメージングの近年の状況について紹介しています。講習会はYouTubeで公開されています。ぜひご覧ください。
2020年度OLSP研究課題の報告
2020年度実施した6件の研究課題(研究提案型4件、データ提供型2件)について、研究報告を追記しました。（研究課題の詳細）
OLSP Workshop 2022（2022年5月12日 オンライン）
OLSPに参加する理研各拠点の研究者が1日参加する、Zoomをつかったオンラインワークショップ「OLSP Workshop 2022」を開催しました。2021年度OLSP研究課題の研究代表者による研究内容のプレゼンテーションと、オープンサイエンス評価ワーキンググループ、オントロジー作業部会、国際連携、人材育成といったOLSPプロジェクト内の各作業部会から活動内容の報告を行いました。参加メンバーと意見交換をおこなうことで、各部会の活動やデータベースにおける連携の可能性を改めて発見することができました。理研全体でのデータ利活用のさらなる推進をめざします。
2021年度OLSP研究課題の決定
OLSPでは2021年度に2件の研究課題(研究提案型2件)を所内公募により決定し開始しました。研究実施期間は2021年12月からの1年間の予定です。（研究課題の詳細）
理研シンポジウム：理研ハッカソン 公開シンポジウム（2022年3月24日-25日 オンライン）
理化学研究所情報統合本部主催、OLSPが共催として開催した「理研ハッカソン 公開シンポジウム」が開催されました。OLSPからは、理研ハッカソンにおいて、2020年度OLSP研究課題の成果発表会および、オントロジー作業部会を開催しました。概要は開催案内のページをご覧ください。
OLSP Workshop 2021（2021年4月20日, 22日 オンライン）
OLSPに参加する理研各拠点の研究者が参加する、Zoomをつかったオンラインワークショップ「OLSP Workshop 2021」を開催しました。1日目には2020年度に採択された各OLSP研究課題の研究代表者による研究内容のプレゼンテーション、2日目にはオントロジー作業部会をはじめとするOLSPプロジェクト内の各作業部会から活動内容の報告や今後の展望について議論しました。
理研シンポジウム：理研ハッカソン オープンシンポジウム （2021年3月22日 オンライン）
理研オープンライフサイエンスプラットフォームが共催となった「理研ハッカソン オープンシンポジウム」が2021年3月22日にオンラインで開催されました。開催概要については開催案内のページをご覧ください。
2020年度OLSP研究課題の決定
OLSPでは2020年度に以下の6件の研究課題(研究提案型4件、データ提供型2件)を所内公募により決定し開始しました。研究実施期間は2020年10月からの1年間の予定です。（研究課題の詳細）
公開シンポジウム「次世代統合バイオイメージングと数理の協働の展望」（2020年10月14日）
日本学術会議が主催した公開シンポジウム「次世代統合バイオイメージングと数理の協働の展望」において、RAP画像情報処理研究チーム横田チームリーダー、BDR発生動態研究チーム大浪チームリーダーが「バイオ計測と画像解析技術」について講演を行いました。詳しくは学会のホームページをご覧ください。
理研シンポジウム：理研ハッカソン オープンシンポジウム （2020年2月17日 理化学研究所神戸キャンパス）
理研オープンライフサイエンスプラットフォームが共催となっています「理研ハッカソン オープンシンポジウム」が2020年2月17日に理化学研究所神戸キャンパスで開催されました。開催概要については開催案内のページをご覧ください。
オープンライフサイエンスプラットフォーム データ集積ワークショップ（2020年1月20日 – 21日 理化学研究所神戸キャンパス）
理研オープンライフサイエンスプラットフォームに参加する理研各拠点の研究者が集まり「データ集積ワークショップ」を理化学研究所神戸キャンパスにて開催しました。公開データベースや公開データの種類や管理について情報共有し、今後の活動について議論しました。
The 6th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium （2019年11月6日 理化学研究所横浜キャンパス）
理化学研究所とスウェーデンのKarolinska Institute-SciLifeLabが主催する「The 6th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium」が理化学研究所横浜キャンパスにて開催されました。当プロジェクトからはBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーとIMS生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川チームリーダーが参加し、両機関のデータサイエンスの連携強化について議論しました。両国の生命科学分野におけるさらなる発展が期待されます。
BioImage Archive Metadata Workshop（2019年10月14日 – 15日 イギリス）
EMBL-EBIが主催し、欧州・米国・日本からバイオイメージデータレポジトリの専門家が集う「BioImage Archive Metadata Workshop」にBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーが参加しました。バイオイメージデータリポジトリに登録するデータに付与するメタデータの世界標準の初版が策定され、バイオイメージデータレポジトリの世界連携について議論されました。
Global BioImaging Exchange of Experience IV（2019年9月13日 シンガポール）
バイオイメージデータの共有に関する研究について、欧米日を中心とする主要国の研究者が集う「Global BioImaging Exchange of Experience IV」にBDR発生動態研究チーム 大浪チームリーダーが参加しました。オープンライフサイエンスを世界規模で推進する主要なデータ連携となると期待されます。学会のホームページもご覧ください。
[データベース・データリソース]
「主なデータベース」ページを新設（2026年9月26日)
「主なデータベース」ページを新設しました。このページでは、理研が公開している生命科学分野の主要データベースについて、生物種ごとにどのようなデータが利用可能かをわかりやすく一覧で紹介し、元データへのリンクも提供しています。第1弾として、FANTOM5、SSBD:database、バイオリソース（理研BRC）の情報を公開しました。本ページは、研究者の皆さまによるデータの利活用を促進することを目的としています。
foundingGIDE Deliverable D6.1を公開（2025年8月11日)
発生動態研究チームが参加するfoundingGIDEでは、これまでの研究の成果をまとめた「Deliverable D6.1 」をZenodoにて公開しました。このレポートでは、主要なデータの相互運用性と再利用性を向上させることを目的に、バイオイメージングデータリソース—BIA、IDR、SSBD—間でのメタデータの調和に関する要件を定義しています。
レポートでは、現在のメタデータモデルを分析し、共通点やギャップを特定したうえで、バイオイメージングデータ共有のためのグローバルなメタデータ整合に向けた提案しています。
Onami, S., Kyoda, K., Yamagata, Y., & Itoga, H. (2025). foundingGIDE Deliverable D6.1: Report in metadata model overlap and gaps. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.16794787
SSBDについて解説動画を公開（2025年6月2日)
バイオイメージングデータの共有と再利用のためのプラットフォーム「SSBD」について、研究データの公開や再利用を促進する取り組みを紹介し、国際的な連携の現状や生命科学分野におけるデータ活用の動向について解説した動画を公開しました。
OnamiLab 「SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data」
マウスゲノム多型データベース 「MoG+」の使用解説動画を公開（2025年4月17日)
DBCLSと連携し、ゲノム多型データベースMoG+の使用方法の動画をToGoTVより公開しました。
ToGoTV「MoG+: 理研BRCマウスゲノム多型データベースを使って実験用マウス系統の多型情報を調べる」
FANTOMウェブリソースの最新アップデート (2024年11月27日）
IMS生命医科学大容量データ技術研究チームの信定 知江 研究員、粕川 雄也 チームリーダー、東京都医学総合研究所 ゲノム医学研究センターの川路 英哉 副センター長らの共同研究グループは、国際共同研究「FANTOM（Functional ANnoTation of Mammalian Genome）プロジェクト」の成果を基に、FANTOMウェブリソースにおけるゲノム上のノンコーディングRNA（ncRNAの機能情報の拡張と、シスエレメントに関する新たなデータベース注1）を公開しました。
本研究成果は、遺伝子発現制御機構をはじめとする基礎研究に加え、疾患、薬などを対象とした生命科学分野の研究への活用が期待されます。
今回のFANTOMウェブリソースの更新では（1）iPS細胞における長鎖ncRNAの機能情報、（2）クロマチン相互作用による核内長鎖ncRNAの機能情報、（3）今回新たに同定した転写活性に関わるゲノム領域であるシスエレメントの情報、について拡充されました。
詳細は理化学研究所プレスリリース「FANTOMウェブリソースの最新アップデート」（2024年11月27日）をご覧ください。
https://doi.org/10.1093/nar/gkae1047
fanta.bio V1.1.0の公開（2024年9月20日）
遺伝子の転写制御に関わるゲノム領域シスエレメントの情報および転写活性に関するデータベース、fanta.bioについてV.1.1.0を公開しました。
参考
遺伝子の転写制御に関わるゲノム領域、シスエレメントの情報を収載したデータベース「fanta.bio」が公開されました （2024年2月29日 JST-NBDC）
Adult Zebrafish Brain Gene Expression Database (AZEBEX)公開（2024年6月4日）
CBSシステム分子行動学研究チーム梶山研究員（当時）、BDR発生動態研究チーム糸賀技師らは、モデル動物ゼブラフィッシュの脳切片スキャンデータのデータベースAdult Zebrafish Brain Gene Expression Database（AZEBEX)を公開しました。AZEBEXはSSBDとOMEROを基盤として構築されています。
AZEBEXへのリンク：https://ssbd.riken.jp/azebex/
脳神経科学統合プログラム（中核拠点）採択 (2024年2月21日)
国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）による「令和5年度 脳神経科学統合プログラム（中核拠点）」に係る公募について、「脳データ統合プラットフォームの開発と活用による脳機能と疾患病態の解明」（研究開発代表者 影山龍一郎）が採択されました。このプロジェクトにおいて、CBS脳発達分子メカニズム研究チーム下郡チームリーダーらが開発したCBSリポジトリシステムが、プロジェクト内のデータプラットフォームとして採用されています。
表現型オントロジー整備 (2024年1月24日)
BRC統合情報開発室は、DBCLSおよび米国ジャクソン研究所と連携し、哺乳類表現型オントロジー（MP）の日本語訳を完成させ、公共の語彙集として、ジャクソン研が運営するMouse Genome Informatics（MGI）のダウンロードページ他複数の研究機関のウェブサイトから公開しました。
refTSS ver4.0 β版サイト を公開 (2023年5月30日)
QTBD5Viewer を公開 (2023年5月18日)
BD5形式の生命動態定量データの可視化ツールQTBD5Viewer を公開しました。Windows, macOS, Ubuntu Linux で動作します。SSBD:database ではさまざまな生命動態定量データを BD5 形式で提供しています。
Chronic cellular senescence course – Homeostasis imbalance process ontology (HoIP) (2023年3月9日)
R-IH生命科学データ共有開発ユニット 山縣研究員らは細胞老化に関するオントロジーの開発を行っており，生物学的ネットワークデータの公開のためのオープンソースプラットフォームであるNDEx (Network Data Exchange)でオントロジーをベースとした細胞老化メカニズムの可視化データを公開しています。
HoIPへのリンク：https://doi.org/10.18119/N9KS4H
INSDC spatiotemporal metadata – minimum standards update (2023年3月3日）
DDBJ,EMBL-EBI,NCBIが運営するコンソーシアム、国際塩基配列データベース連携（The International Nucleotide Sequence Database Collaboration ：INSDC) は生物多様性条約等の遺伝資源リソースへの記載情報としてINSDCでガイドライン（標準）を発表しました。詳細は2023年3月3日付INSDC発表のニュースINSDC spatiotemporal metadata – minimum standards update (03-03-2023)をご覧ください。また、2022年10月に有田チームリーダが行った「国際塩基配列データベース連携（INSDC）の方針および生物多様性条約への対応」についての講演動画が独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE）のYoutubeチャンネルで公開されています。
幾千のAIで複雑な生態系を読み解く（2022年10月17日）
BRC統合情報開発室の鈴木健大開発研究員、桝屋啓志室長、国立環境研究所生物多様性領域生態系機能評価研究室松崎慎一郎室長の共同研究チームは、多数のAIプロセスの協働により、生態系における時間的なデータから各要素間の関係（相互作用）を推定する手法を開発し、この手法を霞ヶ浦の長期観測データに適用することで、水質悪化に結び付くラン藻類の大増殖（アオコ）の要因の一端を明らかにしました。本研究成果は、生態系の駆動プロセスの解明や予測、制御だけではなく、疾患治療や健康維持、農業技術開発など、多様な分野におけるバイオリソースの新たな利活用につながると期待できます。詳細は2022年10月17日付理化学研究所プレスリリース「幾千のAIで複雑な生態系を読み解く－湖沼生態系の相互作用を解明し、水質改善につなげる－」を参照ください。
RIKEN Plant Metabolome MetaDatabase (PMM)の開発 (2021年12月17日）
植物が持つ代謝物の総体（メタボローム）は複雑かつ多様であり、植物自身のみならず我々ヒトを含めた地球上の生物種へのエネルギー供給や医薬品等に結びつく有用物質群が含まれています。これまで主要なメタボロームデータレポジトリデータベースが作られデータ登録がされてきましたが、公開されたデータの再解析や再利用性、再現性の確保といった観点から改善すべき問題が存在していました。CSRSメタボローム情報研究チームが開発したRIKEN Plant Metabolome MetaDatabase (PMM)は、質量分析計（例. GC-MS）による植物メタボロームデータの共有と再利用とを促進するために、RIKEN PMMは構造化され機械可読な形式（ウェブの国際標準規格に準拠）で記述された植物メタボローム研究の実験メタデータおよび生データを公開しています。
NeuroGT (Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines)」 の公開（2021年5月24日）
BDR発生動態研究チーム 遠里客員研究員、糸賀技師は国立遺伝学研究所の平田教授らと共同でマウス系統のカタログ的な全脳切片画像のデータベース 「NeuroGT (Brain Atlas of Neurogenic Tagging Mouse Lines)」 を公開しました。現在、本データベースは 13,538 枚の画像（835 GB）を含む 84 データセットで構成されており、 SSBD の１部として公開されています。
NeuroGTへのリンク：https://ssbd.riken.jp/neurogt/
バイオリソースのメタデータ整備（2020年3月23日）
BRC統合情報室は、理研バイオリソースに公開されているデータについて、メタデータの整備を行いました。これにより個体（系統）や細胞を生物種横断的に関連付ける仕組みが整い、生命科学の広い分野での活用が可能になりました。
生物材料別リソースカタログ
SSBDデータベースの更新（2019年11月20日）
BDR発生動態研究チームが開発した生命動態情報と生命科学画像の統合データベースであるSSBDの更新を行いました。従来のSSBDをSSBD:databaseとSSBD:reporitoryに分割することで機能拡張し、新たに取得したデータを公開しました。詳しくはhttp://ssbd.qbic.riken.jp/をご覧ください。
メタボロームデータのメタデータ項目策定（2019年）
CSRSメタボローム情報研究チームは、理研PSCおよびCSRSが蓄積してきた植物に関するデータについてオントロジーの整備を行いました。これにより、53スタディ、約7000測定データが利用可能になり、また、かずさDNA研究所からのデータも合わせると１３１スタディが公開されました。これらはhttp://metabobank.riken.jp/で公開されています。今後はマウス・ヒト臓器・食品や環境など幅広い分野に関するデータの公開を予定しています。
[議事録]
2020年度運営会議議事録
- 第1回運営会議（中止）
- 第2回運営会議（2020年5月7日開催）PDF形式: 172KB
- 第3回運営会議（2020年6月15日開催）PDF形式: 339KB
- 第4回運営会議（2020年7月9日開催）PDF形式: 188KB
- 第5回運営会議 （2020年9月15日開催）PDF形式: 263KB
- 第6回運営会議（2020年10月9日開催）PDF形式: 254KB
- 第7回運営会議（2020年10月9日開催）PDF形式: 1572KB
- 第8回運営会議（2020年12月10日開催）PDF形式: 346KB
- 第9回運営会議（2021年1月14日開催）PDF形式: 254KB
- 第10回運営会議（2021年2月10日開催）【準備中】
- 第11回運営会議（2021年3月17日開催）【準備中】
2021年度運営会議議事録
- 第1回運営会議（2021年4月7日開催）【準備中】
- 第2回運営会議（中止）
- 第3回運営会議（2021年6月9日開催）【準備中】
- 第4回運営会議（2021年7月7日開催）【準備中】
- 第5回運営会議（2021年9月13日開催）【準備中】
- 第6回運営会議（2021年10月11日開催）【準備中】
- 第7回運営会議（2021年11月10日開催）【準備中】
- 第8回運営会議（2021年12月7日開催）【準備中】
